正常情况下，成年人不具备产生甲胎蛋白的能力。然而，当细胞癌变时，肿瘤细胞可以分泌大量的甲胎蛋白。一般情况下，癌症越严重，患者血清中的甲胎蛋白含量越高。但是，即使患者的甲胎蛋白水平正常，也不能完全排除肝癌的可能。近20%的肝癌患者直到去世也没有在体内检测到一定水平的甲胎蛋白。
目前还没有发现对某种癌细胞产生单一独特反应的物质。以现在的医疗手段，不可能在检查中统计出所有的检测物质。受试验物质生理活性的限制，大多是标志物的特征性产物，试验中阳性率不到70%。也就是说，即使患者患了很严重的癌症，由于检测误差，取样时也可能无法呈强阳性，具体标志物水平无法统计。也包括甲胎蛋白。
肝脏代偿能力强，抗癌能力强。在肝癌的早中期，癌细胞周围肝组织的压力可以由其他组织承担。所以甲胎蛋白的活性有一定程度的下降，甲胎蛋白的分泌水平达不到预期的效果，是一种正常的生理现象。
肝癌有很多种，包括隐性肝癌。这种肝癌不仅不能促进机体分泌甲胎蛋白，而且超声也无法检测到它的存在，对人的生命安全有很大的危险。
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据统计，约40%的早期肝癌患者的甲胎蛋白分泌水平正常。随着病情的逐渐恶化，部分患者开始分泌甲胎蛋白，但仍有部分患者失去了分泌这种糖蛋白的能力。约15%的晚期肝癌患者甲胎蛋白分泌水平正常。所以在肝癌检测过程中，甲胎蛋白的水平仅供参考。建议患者根据个人情况完善相关检测，必要时介入肝脏核磁共振和肝穿刺检测，可有效诊断肝癌。
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