多数禽流感轻症病例预后良好，无后遗症。有些病例发展迅速，许多并发症如重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、多器官功能衰竭、脓毒症、休克和雷氏综合征等可导致死亡。常见的并发症有：
原发性病毒性肺炎(3360)多见于原有心肺疾病的患者。主要肺部疾病为浆液性出血性支气管炎，大部分患者死于心力衰竭和外周循环衰竭。
继发性细菌性肺炎：最常见的致病菌是肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌和流感嗜血杆菌。患者病情逐渐恶化，或暂时好转后临床症状进一步加重。出现咳嗽、咳痰、脓痰、肺部实变征象。x光显示肺部有片状和斑片状阴影。
心肌炎：据报道，流感病毒肺炎可并发心肌炎。
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